In der Nacht zum 10. Juli 2003 wurde er von einem Neonazi in einer Obdachlosenunterkunft in Scharnebeck bei Lüneburg (Niedersachsen) zu Tode getreten. Der Täter hatte ihn zuvor schon über eine Woche tyrannisiert und eingeschüchtert. Fischhöder starb einen Tag später an seinen schweren inneren Verletzungen.